Alguns bispados, como o de Coimbra, mandou logo após aviso Régio de 25 de Março de 1811, ainda os Franceses estavam na região da Guarda, fazer o levantamento do rasto da destruição que os Franceses deixaram atrás de si. Sucederam-se as epidemias, a fome e os assassínios, acompanhando as vagas de órfãos e de desalojados. Quando regressavam às casas, as populações viam a destruição e os campos incultos, sem sementes sequer para renovar as culturas. Os párocos não incluem os mortos em combate do exército regular, nem da guerrilha e muito menos dos Franceses. Só registam os civis das suas paróquias, acometidos pelos Invasores. Nem sempre referem todos os mortos que sofreram maus tratos, ou mortos causados pela epidemia. Há um número do Bispado de Coimbra, que nos dá uma ideia fria do sucedido: na Figueira da Foz, onde não houve crimes porque os Invasores não passaram pela cidade, morreram 4.135 indivíduos por doença, entre naturais e refugiados.
Não se sabe ao certo quantos óbitos causaram as forças francesas na população de Alcafozes. Na altura da I Invasão, a aldeia tinha cerca de 700 habitantes e estava em franco progresso depois das pestes e da Guerra dos Sete Anos. Mas com os saques do esfomeado exército de Junot, primeiro em 1807, e de Massena, em 1810, muitos aldeões deixaram Alcafozes e pela calada da noite refugiaram-se em Idanha-a-Velha, por esses tempos uma povoação em declínio e sem nada que pudesse alimentar as esfomeadas tropas naoleónicas após uma terrível e esgotante passagem por Espanha. É curioso, no entanto, que no intervalo que mediou entre a I e a III Invasão haja registo de um casamento em Alcafozes, de Joáo Esteves Barbado com Remedia, ambos naturais da terra, no dia 1 de Novembro de 1808. Por essa altura os combates desenrolavam-se no Norte do país e essa pequena trégua permitiu uma ligeira retoma na vida normal aos seus habitantes.
No entanto, as carências eram demasiado severas em Alcafozes na sequência dos saques. O gado foi quase totalmente roubado pelos exércitos napoleónicos e até os grãos faltavam para as sementeiras porque os soldados necessitavam deles para fazer o seu próprio pão. Os bens sacros da Igreja de São Sebastião foram levados, assim como os das capelas da Misericórdia e do Espírito Santo, enquanto a capela de Santo António foi incendiada pelo tropa francesa em retirada, depois de um confronto com os cavalaieros portugueses do Regimento de Cavalaria 1 e das milícias que se formavam por todas as povoações, sedentas de sangue e de vingança. Esta crise social era agravada, como se fosse possível ser ainda pior, pela táctica da "terra queimada" imposta pelos exércitos ingleses e portugueses para os inimigos franceses não poderem encontrar qualquer espécie de comida. Caso para dizer que uma desgraça nunca vem só.
Em 1813, afastada a ameaça da Guerra Peninsular para território espanhol. o padre João António Tavares, vigário da Igreja de São Sebastião começa a colher o dinheiro da côngrua, a dádiva essencial para manter a paróquia, em 6 de Setembro deste mesmo ano. Mas o que recolher depois de tanta miséria se ter abatido sobre uma aldeia com fome, ainda assustada, pilhada, com casas em ruínas, salvando-se aquelas em que os soldados se aboletavam. Os naturais da aldeia regressavam a pouco e pouco dos seus esconderijos inalcancáveis pelo d inimigo externo e deitavam mão à recuperação de Alcafozes, onde a esperança de vida, com tanto infortúnio, não atingia os 40 anos e muitas mulheres morriam ao dar à luz e metade das crianças não atingirem os 5 anos de idade. O socorro dos vizinhos de Medelim, Zebreira, Rosmaninhal e outros lugares não se podiam contar com ele porque também essas poviações se encontravam devastadas.
Era preciso recomeçar uma nova existência...
Reprodução da autoria de Tosaco do incêndico da Capela de Santo António
